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整洁架构除了以下至少四层架构外，在层与层之间还有一个非常明确的依赖关系，外层的逻辑依赖内层的逻辑 (图中黑色箭头指向)，但是内层的代码不可以依赖外层。
实体层： 业务实体这一层中封装的是整个系统的关键业务逻辑。这些实体既可以是带方法的类，也可以是带有一堆函数的结构体。但它们必须是高度抽象的，封装了该应用中最通用、最高层的业务逻辑，只可以随着核心业务规则变化，不可以随着外层组件的变化而变化。例如，一个针对页面导航方式或者安全问题的修改不应该触及这些对象，一个针对应用在运行时的行为所做的变更也不应该影响业务实体。该层一般采用 DDD 的理念进行抽象、封装。
用例层: 软件的用例层中通常包含的是特定应用场景下的业务逻辑，这里面封装并实现了整个系统的所有用例。该层控制所有流向和流出实体层的数据流，并使用核心的实体及其业务规则来完成业务需求。此层的变更不会影响实体层，更外层的变更，比如开发框架、数据库、UI 等变化，也不会影响此层。
适配器层: 软件的接口适配器层中通常是一组数据转换器，它们负责将数据从对用例和业务实体而言最方便操作的格式，转化成外部系统（譬如数据库以及 Web）最方便操作的格式。反之，来自于外部服务的数据也会在这层转换为内层需要的结构，一般用于 ui 和接口的适配操作。
框架和驱动层：由最外层由各种框架和工具组成，比如 Web 框架、数据库访问工具等。通常在这层不需要写太多代码，大多是一些用来跟内层通信的胶水代码。